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[PDF] WS/T 633-2018 - 英文版

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WS/T 633-2018 英文版 339 WS/T 633-2018 [PDF]天数 >=3 巴贝虫检测 虫种核酸鉴定法 有效
基本信息
标准编号 WS/T 633-2018 (WS/T633-2018)
中文名称 巴贝虫检测 虫种核酸鉴定法
英文名称 Detection of Babesia spp. - Identification of species by nucleic acid method
行业 卫生行业标准 (推荐)
中标分类 C61
字数估计 14,195
发布日期 2018-09-26
实施日期 2019-04-01
标准依据 国卫通(2018)21号
发布机构 卫生健康委员会

WS/T 633-2018 Detection of Babesia spp.- Identification of species by nucleic acid method ICS 11.020 C 61 WS 中 华 人 民 共 和 国 卫 生 行 业 标 准 巴贝虫检测 虫种核酸鉴定法 2018 - 09 - 26 发布 2019 - 04 - 01 实施 中华人民共和国国家卫生健康委员会发布 前  言 本标准按照 GB/T 1.1-2009 给出的规则起草。 本标准由国家卫生标准委员会寄生虫病标准专业委员会提出。 本标准起草单位:中国疾病预防控制中心寄生虫病预防控制所、复旦大学、第二军医大学。 本标准起草人:刘琴、周晓农、张仪、胡薇、陈家旭、朱淮民。 巴贝虫检测 虫种核酸鉴定法 1 范围 本标准规定了检测巴贝虫的虫种核酸鉴定法。 本标准适用于各级疾病预防控制机构和医疗机构对巴贝虫的检测。 2 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件,仅所注日期的版本适用于本文 件。凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件。 WS/T 564 巴贝虫病诊断 3 术语和定义 下列术语和定义适用于本文件。 3.1 巴贝虫 Babesia spp. 一类寄生于人和脊椎动物红细胞内的原虫,可引起巴贝虫病(babesiosis)。感染人体的巴贝虫种 类主要有田鼠巴贝虫 (Babesia microti)、分歧巴贝虫(B.divergens)、邓肯巴贝虫(B.duncani)和猎户 巴贝虫(B.venatorum)等(参见附录A)。 4 仪器和器材 4.1 高速离心机 最大相对离心力为 12 000×g。 4.2 涡旋仪 无级调速范围为 200 r/min~3 000 r/min。 4.3 PCR 扩增仪 温度范围为 4℃~99 ℃,温度精确为 0.1 ℃,热盖为 105 ℃。 4.4 微波炉 4.5 电泳仪 电压为 5 V~5 000 V,电流为 1 mA~500 mA。 4.6 凝胶成像系统 镜头分辨率(H × V)为 1 360 × 1 024,光源为透射 UV。 5 试剂和材料 5.1 分子生物学试剂 Taq 酶、脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)、分子质量指示物及核酸提取试剂盒选用商品化产品。 5.2 化学试剂 Tris-乙酸电泳缓冲液(TAE)、琼脂糖凝胶、6×加样缓冲液(参见附录B)。 5.3 引物 扩增巴贝虫 18S 核糖体RNA (18S rRNA)基因和转录间隔区(ITS)基因的特异性引物(见附录 C)。 5.4 参照材料 阳性对照为田鼠巴贝虫 peabody mjr株基因组 DNA。 空白对照为去离子灭菌水。 阴性对照为健康人全血基因组DNA。 6 检测步骤 6.1 样品 样品为临床诊断或疑似巴贝虫病病例抗凝血样品。 6.2 虫种核酸鉴定 6.2.1 核酸提取 基因组DNA提取采用商品化全血DNA提取试剂盒(参见附录 B)。 6.2.2 18S rRNA基因扩增 见附录 C。 6.2.3 ITS基因扩增 见附录 C。 6.2.4 结果判定 6.2.4.1 电泳分析 6.2.4.1.1 电泳 取第二轮PCR产物 5 µL与 1 μL 6×加样缓冲液混合,加样于含溴化乙锭替代物的 1.0%琼脂糖凝胶 中,在1×TAE 缓冲液中,5 V/cm 电泳约 40 min,当溴酚蓝到达底部时停止电泳,用凝胶成像系统或 紫外分析仪分析。 6.2.4.1.2 PCR 结果判断 6.2.4.1.2.1 PCR 扩增巴贝虫 18S rRNA基因,出现大小为 400 bp 左右特异性的扩增片段,空白对 照和阴性对照未出现条带,PCR结果阳性。PCR 扩增巴贝虫 18S rRNA基因,未出现大小为 400 bp 左 右特异性的扩增片段,空白对照和阴性对照未出现条带,PCR结果阴性。 6.2.4.1.2.2 PCR扩增巴贝虫 ITS基因,出现大小在 700 bp~2 100 bp 的特异性的扩增片段,空白对 照和阴性对照未出现条带,PCR结果阳性。PCR扩增巴贝虫 ITS基因,未出现特异性的扩增片段,空 白对照和阴性对照未出现条带,PCR结果阴性。 6.2.4.2 测序分析 阳性 PCR扩增产物进行双向测序,将序列进行 BLAST 比对分析(见附录 C)。 6.2.4.3 虫种鉴定 根据PCR扩增产物电泳结果与测序结果分析,综合判定虫种种类(见附录C)。 AA 附 录 A (资料性附录) 病原生物学 A.1 分类 巴贝虫(Babesia spp.)属于顶复门(Apicomplexa)、孢子虫纲(Sporozoa)、梨形虫亚纲 (Piroplasmasina)、梨形虫目(Piroplasmida)、巴贝虫科(Babesiidae)的巴贝虫属(Babesia)。目前 已鉴定的有100多种巴贝虫,可以感染牛、马、羊、犬等多种哺乳动物和鸟类。在100多种巴贝虫中,既 往已知可以感染人的巴贝虫种类主要有:田鼠巴贝虫(B.microti)、分歧巴贝虫(B.divergens)、邓肯巴 贝虫(B.duncani,也称为WA1)和猎户巴贝虫(B.venatorum,也被称为EU1)等。不同巴贝虫虫种引 起人体临床症状的比较见表A.1。 A.2 分布 本病呈地方性流行。 在美国,巴贝虫病病例主要发现于马萨诸赛岛、纽约州、康涅狄格岛、加利福尼亚州以及罗得岛。 在欧洲,法国、葡萄牙、意大利、波兰、挪威等地均有人巴贝虫病病例发生。另外,在埃及、墨西哥、 澳大利亚、日本、韩国、巴基斯坦及南非也均有人巴贝虫病病例报道。 在我国云南、河南、新疆、山东、陕西、浙江、江苏、广西、福建及台湾、香港地区等地均有人巴 贝虫病病例报道。 表 A.1 不同巴贝虫虫种引起人体临床症状的比较 虫种 地理分布 媒介名称 潜伏期 临床特征 其他 田鼠巴贝虫 (B.microti) 欧洲、美国、 日本、中国、 埃及等 肩突硬蜱、 卵形硬蜱、 全沟硬蜱、 丹敏硬蜱 1周~6周,甚至3 个月以上 大多数患者症状比较轻微,只出现一过 性的发热症状;而重症患者出现疟疾样 症状,包括发热、寒战、肌肉疼痛、贫 血、无力、肝脾肿大、溶血性贫血等 一般以50岁以上 的老人易感 分歧巴贝虫 (B.divergens) 欧洲 篦子硬蜱 1周~3周 突然起病、血红蛋白尿、黄疸、休克样 表现 脾脏切除和免疫 缺陷者易感 邓肯巴贝虫 (B.duncani) 欧洲、美国 丹敏硬蜱、 肩突硬蜱 3周~2个月 发热、寒战、肌肉疼痛、贫血、无力、 肝脾肿大、溶血性贫血,持续数周或更 脾脏切除患者易 感;易输血传播 猎户巴贝虫 (B.venatorum) 欧洲、中国 蓖子硬蜱、 卵形硬蜱 不明确 大多数患者症状比较轻微,只出现一过 性的发热症状;严重者表现贫血、血红 蛋白尿、黄疸等症状 免疫功能低下者 或者脾切除患者 易感 BB 附 录 B (资料性附录) 试剂配制 B.1 试剂的配制 B.1.1 Tris-乙酸电泳缓冲液(Tris- acetic acid buffer solution,TAE)的配制 50× TAE 的配制:三(羟甲基)氨基甲烷(Tris 碱) 242 g,冰乙酸 57.1 mL,0.5 mol/L EDTA(pH 8.0) 100 mL,加去离子灭菌水定容至 1 000 mL,混匀 4℃保存备用。 B.1.2 1× TAE 使用液的配制 50× TAE 20 mL加蒸馏水定容至 1 000 mL,混匀备用。 B.1.3 1.0%琼脂糖凝胶的配制 琼脂糖 1.0 g 加1× TAE 定容至 100 mL,微波炉加热完全融化后,溶液冷却至 60 ℃,加 10 mg/mL 溴化乙锭替代物 5 µL(终浓度0.5 µg/mL),轻轻混匀后,制备凝胶。 B.1.4 6×加样缓冲液的配制 溴酚蓝 0.25 g,蔗糖 40 g,加蒸馏水至 100 mL。置于 4 ℃保存备用。 B.2 DNA的提取 取 100 µL血液样品,用商品化的全血样品DNA提取试剂盒提取基因组DNA,操作步骤按试剂盒说 明书进行。 CC 附 录 C (规范性附录) PCR实验、测序结果分析及标准参考序列 C.1 PCR扩增引物序列 巴贝虫虫种鉴定引物见表C.1。 表 C.1 巴贝虫虫种鉴定引物 引物 引物名称 引物序列 a 片段大小 b 参考文献 18S rRNA 外侧引物 400 bp 左右 [3] 18S rRNA 内侧引物 ITS 外侧引物 ITS-F3 5′-GGTGGTGCATGGCCG-3′ 700 bp~2 100 bp [4] ITS-R3 5′-T(A/T)GCGCTTCAATCCC-3′ ITS 内侧引物 a18S rRNA 基因引物序列和 PCR 反应引自 WS/T 564 。 b不同虫种片段大小不同。 C.2 引物配制 引物用去离子灭菌水配制成100 μmol/L储备液。然后取出一部分,加入相应体积的去离子灭菌水稀 释成20 μmol/L的工作液备用。 C.3 18S rRNA PCR反应体系及反应条件 C.3.1 18S rRNA PCR第一轮反应 C.3.1.1 以引物Bab 5和Bab 8进行第一轮扩增,反应体系为 50 μL。 Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL 10×PCR缓冲液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL 25 mmol/L dNTPs 4 μL 20 μmol/L Bab 5 1.5 μL 20μmol/L Bab 8 1.5 μL 基因组DNA模板(约70 ng) 2 μL 去离子灭菌水 35.75 μL 总计 50 μL PCR 反应需设立阳性、阴性和空白对照。 C.3.1.2 PCR 条件 95 ℃ 5 min;95 ℃ 45 s,55 ℃ 45 s,72 ℃ 1 min,共35个循环;72 ℃ 7 min;4 ℃ ∞。 C.3.2 18S rRNA PCR第二轮反应 C.3.2.1 取第一轮PCR产物2 μL为模板,以引物Bab 6和Bab 7进行第二轮扩增,反应体系为 50 μL。 Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL 10×PCR缓冲液(含 15 mmol/L Mg2+) 5 μL 25 mmol/L dNTPs 4 μL 20 μmol/L Bab6 1.5 μL 20 μmol/L Bab7 1.5 μL 第一轮PCR产物 2 μL 去离子灭菌水 35.75 μL 总计 50 μL C.3.2.2 PCR 条件 95 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s,55 ℃ 45 s,72℃ 1 min,共35个循环;72 ℃ 7 min;4 ℃ ∞。 C.4 ITS PCR反应体系及反应条件 C.4.1 ITS PCR第一轮反应 C.4.1.1 以引物ITS-F3和ITS-R3进行第一轮扩增,反应体系为 50 μL。 Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL 10×PCR 缓冲液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL 25 mmol/L dNTPs 4 μL 20 μmol/L ITS-F3 1.5 μL 20 μmol/L ITS-R3 1.5 μL 基因组DNA模板(约70 ng) 2 μL 去离子灭菌水 35.75 μL 总计 50 μL PCR 反应需设立阳性、阴性和空白对照。 C.4.1.2 PCR条件 95 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,50 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,共35个循环;72 ℃ 10 min;4 ℃ ∞。 C.4.2 ITS PCR第二轮反应 C.4.2.1 取第一轮PCR产物 2 μL为模板,以引物ITS-F4和ITS-R4进行第二轮扩增,反应体系为 50 μL。 Taq 酶(5 U/μL) 0.25 μL 10×PCR缓冲液(含15 mmol/L Mg2+) 5 μL 25 mmol/L dNTPs 4 μL 20 μmol/L ITS-F4 1.5 μL 20 μmol/L ITS-R4 1.5 μL 第一轮PCR产物 2 μL 去离子灭菌水 35.75 μL 总计 50 μL C.4.2.2 PCR 条件 95 ℃ 5 min;94 ℃ 30 s,60 ℃ 30 s,72 ℃ 2 min,共35个循环;72 ℃ 10 min;4 ℃ ∞。 注:PCR实验符合WS/T 230的规定。 C.5 测序结果分析 =BlastSearch&LINK_LOC=blasthome),根据序列的相似度,判断样本所扩增序列的巴贝虫种类: a)18S rRNA 基因序列与GenBank中巴贝虫18S rRNA序列相似度96%以上,或是 ITS 基因序列与 GenBank中ITS 序列相似度95%以上,判定为巴贝虫; b) 18S rRNA 基因序列与田鼠巴贝虫18S rRNA序列相似度99%以上,或是 ITS 基因序列与田鼠 巴贝虫ITS 序列相似度 98%以上,判定为田鼠巴贝虫; c)18S rRNA 基因序列与分歧巴贝虫18S rRNA序列相似度99%以上,或是 ITS 基因序列与分歧巴 贝虫ITS 序列相似度98%以上,判定为分歧巴贝虫; d)18S rRNA 基因序列与邓肯巴贝虫18S rRNA序列相似度99%以上,判定为邓肯巴贝虫; e)18S rRNA 基因序列与猎户巴贝虫18S rRNA序列相似度99%以上,判定为猎户巴贝虫。 C.6 标准参考序列 C.6.1 18S rRNA 标准参考序列 C.6.1.1 田鼠巴贝虫18S rRNA 基因参考序列(参考序列GenBank序列号为 KU204794,其在该基因 中起始位置为405-811) C.6.1.2 分歧巴贝虫18S rRNA 基因参考序列(参考序列GenBank序列号为 KP745627,其在该基因中 起始位置为347-725) (379 bp) C.6.1.3 邓肯巴贝虫18S rRNA 基因参考序列(参考序列GenBank序列号为 HQ289870,其在该基因 中起始位置为445-842) AATAGGAACAGTTGGG (398 bp) C.6.1.4 猎户巴贝虫18S rRNA基因参考序列(参考序列GenBank序列号为 KF724377,其在该基因中 起始位置为423-801) (379 bp) C.6.2 ITS标准参考序列 C.6.2.1 田鼠巴贝虫ITS 标准参考序列(参考序列GenBank序列号为 AF510198,其在该基因中起始位 置为1-828) C.6.2.2 分歧巴贝虫ITS 标准参考序列(参考序列GenBank序列号为 EU185801,其在该基因中起始 位置为1-1044) C.7 巴贝虫PCR电泳结果图 图C.1 巴贝虫临床样品18S rRNA PCR电泳结果图(1-阳性对照样品,2、3-河南田鼠巴贝虫病病例 样品,4、5-浙江,云南田鼠巴贝虫病病例样品,6、7-阴性对照和空白对照样品) 图C.2 巴贝虫临床样品ITS PCR电泳结果图(1-阳性对照样品,2、3-河南田鼠巴贝虫病病例样品, 4、5-浙江,云南田鼠巴贝虫病病例样品,6、7-阴性对照和空白对照样品) 参 考 文 献 [1] 陈小光,李学荣,吴忠道.巴贝虫和巴贝虫病的研究进展 [J].国际医学寄生虫病杂志, 2012, 39(1): 45-49. [2] 吴观陵.人体寄生虫学(第4版)[M]......

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